Euer Abenteuer beginnt in den Ruinen von Glabados, dem ersten Level, das gleichzeitig als Tutorial dient. Auf der Suche nach Abenteuern steht der angehende Luftpirat Vaan einem erstem Feind, einem schleimigen Kampfpudding, gegenüber, der mit Vorliebe schmerzhafte Kopfnüsse verteilt und den es jetzt schnell aus dem Weg zu räumen gilt.

Ist der Feind besiegt, trefft ihr auf Penelo, den weiblichen Navigator eures Luftschiffes, damit ihr schnell weiterziehen und weitere Mitglieder eurer Mannschaft treffen könnt, wie etwa Fran und Balthier. Die beiden sind seit langer Zeit dicke Freunde. Sie, verschwiegen und mysteriös, Er, Luftpirat und als Kapitän eine Legende.

In den ersten Missionen werden euch Gegebenheiten und Vorgehensweisen erklärt. Besiege Monster A und die Mission ist Gewonnen. Wird euer Charakter kampfunfähig, so ist die Mission verloren (in späteren Missionen werden die Ziele natürlich fordernder). Mit vereinter Kraft stellt ihr euch den Wächtern des Schatzes von Glabados, der in die Ewigkeit führen soll. Nach der gewonnen Schlacht teilen Vaan und Balthier sich den Schatz, um danach knapp dem Tode entkommen in ihre Heimat Rabanstre zurück zu kehren, wo ihnen allerdings auch gleich ihr Luftschiff abhanden kommt und sie auf dem Trockenen sitzen.

Bald darauf schwebt ein geheimnisvolles Luftschiff im Tiefflug über der Stadt. Vaan beschließt, dass man sich das mal näher anschauen sollte und die Gruppe, mit den neuen Mitgliedern Filo und Kytes, beides Waisenkinder, macht sich auf den Weg. Nach einigen weiteren Kämpfen, die euch Kudos und weitere Fähigkeiten einbringen, schleicht ihr euch in der Nacht auf das fremde Schiff. Dort angelangt stoßt ihr auf eine Art Portal, aus denen immer wieder Monster kommen. An solch einem Beschwörungsportal lassen sich Monster herbeirufen. Solange es rot leuchtet ist es in der Hand der Feinde, leuchtet es hingegen blau ist es in eurer Hand. Das erreicht ihr durch Meditation. Je mehr Gefährten vor dem Portal meditieren, desto schneller kann man es unter seine Kontrolle bringen. Versammelt eure Party und tippt mit dem Touchpen die Mitte des Portals an. Damit beginnt die Meditation. Kurze Zeit später leuchtet das Portal in blau und steht euch zur Verfügung. Berührt ihr das Portal erneut, erscheint die Option "Rufen". Dort könnt ihr für jedes eurer Mitglieder Kampfgefährten rufen, die die jeweiligen speziellen Fähigkeiten im Kampf an eurer Seite einsetzen können.

Weitergezogen kommt man zu einer Art Kommando-Brücke, wo euch der recht übelgelaunte Ba'Gamnan mit seinen noch übelgelaunteren Kumpanen erwartet. Ba'Gamnan gehört zu einer Gruppe Kopfgeldjäger und hat mit euch noch eine Rechnung offen. Kytes und Filo nehmen kurzerhand die Beine in die Hand und machen sich aus dem Staub. Vaan entscheidet, dass das eine gute Idee sei und tut es ihnen gleich, kommt allerdings nicht weit, und so wartet der erste Bossfight auf euch.

Im ersten Tutorial-Level steht man euch noch helfend beiseite. Die einzelnen Funktionen und Schritte werden in Demo-Vorführungen leicht und verständlich erklärt. Jeder einzelne Charakter verfügt über spezielle Fertigkeiten, die im Kampf äußerst nützlich sind. Diese Fertigkeiten lassen sich mit der Zeit durch Erfahrungspunkte erweitern und durch Gegenstände noch ausbauen, um mehr Schaden anzurichten. Diese Gegenstände findet ihr in Schatztruhen, die in den Missionen verteilt sind oder ihr kauft sie im schiffseigenen Shop.

Nachdem eine spezielle Fertigkeit, wie z.B. Vaans Doppelhieb, eingesetzt wurde, steht diese erst wieder zur Verfügung wenn die Powerleiste sich aufgefüllt hat. Für jeden Charakter könnt ihr Fertigkeiten automatisieren. Dazu wählt ihr mit dem Touchpen erst den Charakter aus und wählt die Fertigkeit aus, die der Charakter dann hauptsächlich automatisch durchführt.

Um zwei oder mehrere Charaktere von A nach B zu bewegen, wählt ihr sie mittels Touchpen aus oder drückt die X-Taste, um eure komplette Party zu markieren und ein neues Ziel einzugeben. Mit der Y-Taste lässt sich zwischen einzelnen Charakteren hin- und herschalten. Der Befehl wird Ausgeführt, sobald der Touchpen vom Touchscreen genommen wird. Wollt ihr ganze Einheiten an einen anderen Ort verbringen, geht ihr auf die gleiche Weise vor.

Es gibt insgesamt drei Angriffstypen. Die Nahkampfeinheiten kämpfen Mann gegen Mann aus kurzer Distanz. Die Fernkampfeinheiten führen die Kämpfe mit Magie oder anderen Waffen aus der Distanz. Die Flugeinheiten greifen den Gegner aus der Luft an. Jede Einheit hat ihre Stärken aber auch ihre Schwächen. Nahkampfeinheiten haben ihre Probleme mit fliegenden Gegnern. Die Fernkampfeinheiten sind in Nahkämpfen ihren Gegnern unterlegen und Flugeinheiten sind anfällig gegen Angriffe aus der Ferne.

Sobald ihr auf mehrere Gegner stoßt, sind Flächenangriffe die beste Wahl. Zu dem Zeitpunkt des Spiels könnt ihr bereits mit Feyas Fertigkeit einen Flächenbrand ausführen, der in diesem Fall alle vier Gegner auf einmal besiegt. Wenn man von Gegnern umzingelt ist, führt Filos Ultraschallwelle zum Erfolg. Diese führt einen Rundumschlag aus und sichert euch den Sieg.

Die Kamera lässt sich frei bewegen. Entweder mit dem Steuerkreuz oder dem Touchpen und man kann sich in Ruhe die abgesteckten Areale anschauen und sein Vorgehen planen. Auf dem Oberen Bildschirm präsentiert sich eine Karte auf der ihr auch die Standorte und Anzahl eurer Feine seht. Gespeichert werden kann zu jedem Zeitpunkt und nach abgeschlossenen Missionen. Langweilig wird euch so schnell nicht werden, denn insgesamt warten satte 81 Missionen auf euch. Grafisch reißt das Spiel keine Bäume aus, sieht allerdings recht hübsch aus. Das Spiel erscheint komplett in Deutsch.